Kelurahan Kayumalue Pajeko memiliki 3 RW dan 9 RT, RW 01 terletak dibagian utara Kelurahan Kayumalue Pajeko RW 2 terletak di pusat Kelurahan Kayumalue Pajeko dan dan RW 3 terletak di bagian selatan kelurahan Kayumalue Pajeko, masing masing RW memiliki 3 RT.
RW 1 memiliki lahan pertanian yang cukup luas dan bisa menjadi sebuah potensi mumpuni jika dilakukan pengelolaan yang tepat. RW 2 memiliki pasar swadaya yang dinamakan “pasar Virgo ”, kegiatan pasar pada pasar tersebut hanya diselenggarakan pada hari sabtu yang pengelolaannya dilaksanakan oleh masyarakat Kayumalue Pajeko sendiri melalui Lembaga Pemberdayaan Masyarakat bersama pemilik lahan yang lahannya diperuntukan untuk pasar. RW 3 yang terletak pada bagian utara kelurahan ini, memiliki potensi wisata yang sangat baik, hal tersebut dapat terlihat dengan adanya kawasan observasi terumbu karang yang sempat menarik perhatian peneliti luar negeri untuk melakukan penelitian terhadap terumbu karang tersebut dan tentu saja hasil yang diberikan sangat baik karena kualitas terumbu karang yang baik.